Khan Academy là một tổ chức phi lợi nhuận 501(c)(3) có nguồn kinh phí chủ yếu là những khoản tài trợ từ các tổ chức từ thiện.[9] Năm 2010, trong khuôn khổ chương trình Project 10100 của mình, Google đã tài trợ 2 triệu đô la Mỹ cho việc sản xuất các khóa học mới và biên dịch nội dung sang các ngôn ngữ khác.[10] Năm 2013, Carlos Slim từ Quỹ Luis Alcazar, Mexico đã tài trợ cho việc sản xuất phiên bản tiếng Tây Ban Nha của các video.[11] Năm 2015, AT&T tài trợ 2,25 triệu đô la Mỹ cho Khan Academy để cung cấp các nội dung của trang web trên ứng dụng di động.[12] Theo báo cáo của Khan Academy với Sở Thuế vụ Hoa Kỳ, mức lương năm 2015 của Sal Khan là 800.000 đô la Mỹ.[13] Năm 2013, cựu chủ tịch và tổng giám đốc vận hành Shantanu Sinha có mức lương là 375.000 đô la Mỹ.[14] Năm 2018, mức lương của Sal Khan là 824.000 đô la Mỹ. Mức lương của tổng giám đốc vận hành Ginny Lee là 700.000 đô la Mỹ.[15] Quỹ Bill & Melinda Gates đã tài trợ 1,5 triệu đô la Mỹ cho Khan Academy.[16] Ngày 11 tháng 1 năm 2021, Elon Musk đã tài trợ 1 triệu đô la Mỹ cho Khan Academy thông qua quỹ Musk của mình.[17]